schwierige aufgabe, was ist, wenn die datei einfach keine erweiterung hat? 
das pear-paket prüft übrigens wirklich den inhalt, das habe ich gerade nachgeschaut.
mime_content_type tut das laut beschreibung übrigens auch.
wenn dir das jeweils nicht reicht, dann könntest du dir letztendlich auch selbst methoden schreiben, die den inhalt überprüfen, die normalen funktionen basieren eben auf magic.mime und so.
...und wer sagt denn, dass test.exe.gif wirklich eine exe ist? es kann ja wirklich ein bild sein. der browser wird das aber bestimmt falsch übermitteln, da hast du recht. 'file' bzw. magic.mime sollte das allerdings erkennen. ("PE executable for MS Windows (GUI) Intel 80386 32-bit")